当 PHP 解析一个文件时，会寻找开始和结束标记，标记告诉 PHP 开始和停止解释其中的代码。此种方式的解析可以使 PHP 嵌入到各种不同的文档中，凡是在一对开始和结束标记之外的内容都会被 PHP 解析器忽略。大多数情况下 PHP 都是嵌入在 HTML 文档中的，当 PHP 碰到结束标记 ?> 时，就简单地将其后的内容原样输出直到碰到下一个开始标记为止。对输出大块的文本而言，脱离 PHP 解析模式通常比将所有内容用 echo() 或者 print() 输出更有效率。
可以在 PHP 中使用四对不同的开始和结束标记。其中两种，<?php ?> 和 <script language="php"> </script> 总是可用的。另两种是短标记和 ASP 风格标记，可以在 php.ini 配置文件中打开或关闭。尽管有些人觉得短标记和 ASP 风格标记很方便，但移植性较差，通常不推荐。 （短标签可能大家用的比较多，即：<??>，在discuz的模版处理类中用的非常多，所以，如果服务器上关闭了短标签，discuz几乎是不能使用的。）
注意: 此外注意如果将 PHP 嵌入到 XML 或 XHTML 中则需要使用 <?php ?> 以保持符合标准。
短标记（<??>）仅在通过 php.ini 配置文件中的指令 short_open_tag 打开后才可用，或者在 PHP 编译时加入了 --enable-short-tags 选项。
注意: 如果用 PHP 3 还可以通过 short_tags() 函数激活使用短标记。此方法只适用于 PHP 3！
ASP 风格标记（<%%>）仅在通过 php.ini 配置文件中的指令 asp_tags 打开后才可用。
注意: 对 ASP 风格标记的支持是 3.0.4 版添加的。
注意: 在以下情况应避免使用短标记：开发需要发行的程序或者库，或者在用户不能控制的服务器上开发。因为目标服务器可能不支持短标记。为了代码的移植及发行，确保不要使用短标记。
同 C 或 Perl 一样，PHP 需要在每个语句后用分号结束指令。一段 PHP 代码中的结束标记隐含表示了一个分号；在一个 PHP 代码段中的最后一行可以不用分号结束。如果后面还有新行，则代码段的结束标记包含了行结束。
注意: 文件末尾的 PHP 代码段结束标记可以不要，有些情况下当使用 include() 或者 require() 时省略掉会更好些，这样不期望的白空格就不会出现在文件末尾，之后仍然可以输出响应标头。在使用输出缓冲时也很便利，就不会看到由包含文件生成的不期望的白空格。
PHP的注释也和C或者PERL一样，它 支持 C，C++ 和 Unix Shell 风格（Perl 风格）的注释。例如:
<?php |
单行注释仅仅注释到行末或者当前的 PHP 代码块，视乎哪个首先出现。这意味着在 // ... ?> 或者 # ... ?> 之后的 HTML 代码将被显示出来：?> 跳出了 PHP 模式并返回了 HTML 模式，// 或 # 并不能影响到这一点。如果启用了 asp_tags 配置选项，其行为和 // %> 或 # %> 相同。不过，</script> 标记在单行注释中不会跳出 PHP 模式。
<h1>This is an <?php # echo "simple";?> example.</h1> |
C 风格的注释在碰到第一个 */ 时结束。要确保不要嵌套 C 风格的注释。试图注释掉一大块代码时很容易出现该错误。